T5-base modelo ajustado para BioQA

import torch
from transformers import T5ForConditionalGeneration, T5Tokenizer

tokenizer = T5Tokenizer.from_pretrained('ozcangundes/T5-base-for-BioQA')
model = T5ForConditionalGeneration.from_pretrained('ozcangundes/T5-base-for-BioQA')

def get_answer(question, context):
    source_encoding = tokenizer(
        question,
        context,
        max_length=512,
        padding='max_length',
        truncation='only_second',
        return_attention_mask=True,
        add_special_tokens=True,
        return_tensors='pt'
    )
    generated_ids = model.generate(
        input_ids=source_encoding['input_ids'],
        attention_mask=source_encoding['attention_mask']
    )
    preds = [tokenizer.decode(gen_id, skip_special_tokens=True, clean_up_tokenization_spaces=True) for gen_id in generated_ids]
    return ''.join(preds)

Ejemplo 1:

question = {
    'context': 'Efecto de la comida en la farmacocinética de empagliflozina, un inhibidor de cotransportador de sodio-glucosa 2 (SGLT2), y evaluación de la proporcionalidad de la dosis en voluntarios sanos. OBJETIVOS: La empagliflozina es un inhibidor potente y altamente selectivo del cotransportador de sodio-glucosa 2 (SGLT2) administrado por vía oral. Este estudio fue realizado para investigar el efecto de la comida en la farmacocinética de 25 mg de empagliflozina y evaluar la proporcionalidad de dosis entre 10 mg y 25 mg de empagliflozina en condiciones de ayuno. MATERIALES Y MÉTODOS: En este estudio cruzado, abierto y de 3 vías, 18 voluntarios sanos recibieron 3 dosis únicas de empagliflozina en una secuencia aleatoria (25 mg de empagliflozina en condiciones de ayuno, 25 mg de empagliflozina después de un desayuno alto en grasas y calorías y 10 mg de empagliflozina en condiciones de ayuno), cada una separada por un período de lavado de al menos 7 días. Se recogieron muestras de plasma en momentos seleccionados durante un período de 72 horas. RESULTADOS: La administración con alimentos no tuvo un efecto clínicamente relevante en el área bajo la curva de concentración en plasma-tiempo (AUC0-∞) de empagliflozina (razón geométrica media (GMR): 84.04, intervalo de confianza (CI) del 90%: 80.86 - 87.34). La disminución observada en las concentraciones plasmáticas máximas (Cmax) de empagliflozina (GMR: 63.22, CI del 90%: 56.74 - 70.44) cuando se administró con alimentos no se consideró clínicamente significativa. Los aumentos en AUC0-∞ y Cmax para 10 mg frente a 25 mg de empagliflozina administrados en condiciones de ayuno fueron aproximadamente proporcionados a la dosis, como lo demuestra la pendiente β de las líneas de regresión que es ligeramente inferior a 1 (pendiente β para AUC0-∞: 0.94, CI del 95%: 0.90 - 0.97; pendiente β para Cmax: 0.91, CI del 95%: 0.80 - 1.01). La empagliflozina fue bien tolerada en condiciones de ayuno y alimentación. CONCLUSIONES: Los resultados apoyan la administración de tabletas de empagliflozina independientemente de la comida. Los aumentos en la exposición a la empagliflozina en condiciones de ayuno fueron aproximadamente proporcionados a la dosis entre 10 mg y 25 mg de empagliflozina.'
    'question': '¿Qué proteína inhibe la empagliflozina?'
}

get_answer(question['question'], question['context'])

Salida: 'SGLT2'

Ejemplo 2:

question2 = {
    'context': 'Dermatitis herpetiforme: hallazgos jejunales y respuesta cutánea a la dieta sin gluten. Se estudiaron 57 niños con dermatitis herpetiforme, 18 de Finlandia y 39 de Hungría. Los criterios diagnósticos incluyeron el hallazgo de depósitos granulares de IgA en la piel de todos los pacientes. La edad media al inicio del sarpullido fue de 7 X 2 años y los sitios favoritos fueron los codos, rodillas y nalgas. Los síntomas que sugieren enfermedad intestinal pequeña fueron raros, pero en 35 (61%) de los niños se encontró atrofia vellosa subtotal y en 16 (28%) se encontró atrofia vellosa parcial en la biopsia yeyunal. Dieciocho niños se sometieron a una segunda biopsia después de una media de 21 meses con una dieta sin gluten; se encontró un aumento de la altura vellosa y una disminución del recuento de linfocitos intraepiteliales en todos estos pacientes. El desafío con gluten causó una reversión en los dos niños que se sometieron a una tercera biopsia. El efecto de la dieta sin gluten en el sarpullido se examinó en niños finlandeses al observar los requerimientos diarios de dapsona, un medicamento utilizado para controlar el sarpullido al comienzo de la dieta. Ocho (67%) de los 12 niños pudieron dejar de tomar dapsona después de una media de 11 meses con la dieta y los tres pacientes tratados solo con dieta se volvieron asintomáticos después de tres a seis meses con la dieta. Estos resultados confirman que la mayoría de los niños con dermatitis herpetiforme tienen atrofia vellosa yeyunal, aunque rara vez tienen síntomas gastrointestinales. El papel central del gluten en la dermatitis herpetiforme infantil está demostrado por el hecho de que una dieta sin gluten ayuda a que la mucosa yeyunal dañada se recupere y controla el sarpullido incluso en aquellos niños que no tienen una biopsia yeyunal anormal.',
    'question': '¿Cuál es el sarpullido típico asociado con el gluten?'
}

get_answer(question2['question'], question2['context'])

Salida: 'dermatitis herpetiforme'